A Paróquia do Atouguia foi criada a 24 de novembro de 1960, por Decreto de D. David de Sousa, então Bispo do Funchal. Iniciou a sua atividade como Paróquia a 1 de janeiro de 1961 com a entrada em vigor do referido Decreto. Tem como Orago São João Batista.
Geograficamente, é constituída por todo o Lombo do Atouguia e parte do Lombo do Doutor separados pelo Ribeiro da Calçada. É uma zona tipicamente rural e muito marcada pela emigração sobretudo para a Venezuela e África do Sul.
Em termos pastorais a Paróquia está dividida em três sítios: Atouguia Acima, Atouguia Abaixo separados pela estrada regional e Lombo do Doutor.
Não possuindo igreja paroquial, foi nomeada como sede provisória a capela de São Pedro de Alcântara, construída em 1783 por João Batista Teixeira, no Lombo do Atouguia. No entanto, devido à orografia e às limitações do espaço na referida capela, o culto religioso alargou-se, semanalmente, à capela de Jesus Maria José, fundada em 1708 por João Andrade Berenguer Neto, hoje, capela de Cristo Rei, no Lombo do Doutor.
A capela de São Pedro de Alcântara, como sede provisória da Paróquia, foi sendo adaptada e apetrechada com o necessário para a vivência da fé. No ano de 1961 adquiriu-se a pia batismal, as cruzes da Via-Sacra, a Cruz Processional e dois ceroferários, pálio, a imagem de São João Batista, a custódia de prata; em 1962 as insígnias do Espírito Santo; em 1963 a imagem de Nossa Senhora de Fátima, neste mesmo ano iniciou-se a construção da casa paroquial; em 1964 a imagem do Coração de Jesus…
Entretanto, para dar um melhor aconchego nas celebrações, de uma forma remediada, construiu-se um alpendre que teve início em Dezembro de 1967.
A vida pastoral tem sido dinâmica e ativa devendo-se ao empenho e dedicação dos vários párocos que por cá têm passado. Desde a criação da Paróquia tivemos os seguintes párocos:
Somos uma comunidade activa, composta por diversos movimentos cada um com o seu carisma próprio, contribuindo para uma Igreja unida, onde todos em comunhão cresçam e colaborem na missão de Cristo.
A parte litúrgica é constituída pelos seguintes organismos: Acólitos, Ministros da Comunhão, Grupos Corais e Leitores.
Na parte pastoral temos os seguintes movimentos: Confraria do Santíssimo Sacramento, Conselho dos Assuntos Económicos, Catequese da infância/adolescência, Grupo Juvenil Onda Jovem, Ação Católica Rural, Filhas de Maria, Mães Cristãs, Equipas de Nossa Senhora, Cursistas e Vicentinos (Calheta).
As festas principais desta comunidade são a do seu padroeiro São João Batista, a 24 de Junho, a do Santíssimo Sacramento no domingo seguinte ao 24 de Junho e a festa de Cristo Rei, no último domingo de outubro.